1960. gadā BMW R 69 S ienāca markas piedāvājumā ar 594 cm³ divcilindru bokserdzinēju. Tas attīstīja 42 ZS jeb 31 kW pie 7000 apgr./min, bet norādītais maksimālais ātrums bija 175 km/h. Modeli ražoja līdz 1969. gadam.
Sportisko ievirzi papildināja arī izskats: pircējiem piedāvāja kopīgu divvietīgu sēdekli un baltu krāsojumu, kas iepriekš bija paredzēts valsts iestāžu motocikliem.
R 69 S stāsts turpinājās ārpus parastajiem ceļiem. Modelis piedalījās Bol d’Or un Monlerī 24 stundu izturības sacīkstēs, kā arī izturības rekordu mēģinājumos. Ar īpaši pielāgotu versiju privātie braucēji Sebastians Nahtmans un Kurts Tvēsmans vairākkārt uzvarēja Vācijas bezceļu čempionātā.
Desmitgades beigās priekšējā piekare iezīmēja pārmaiņas. No 1967. gada BMW Ziemeļamerikas tirgum piedāvāja bokseru versijas ar teleskopisko dakšu, tostarp R 69 US. Tās aizpildīja laiku līdz jaunajai /5 paaudzei, kura debitēja 1969. gadā. R 69 S tādējādi palika uz robežas starp diviem BMW attīstības posmiem.