BMW представила R 69 S в 1960 году с двухцилиндровым оппозитным двигателем объёмом 594 см³. Он развивал 42 л.с., или 31 кВт, при 7000 об/мин; заявленная максимальная скорость составляла 175 км/ч. Модель выпускали до 1969 года.
Спортивный характер подчёркивала и внешность: покупателям предлагали общее двухместное сиденье и белую окраску, прежде доступную только государственным ведомствам.
История R 69 S не ограничивалась обычными дорогами. Модель участвовала в Bol d’Or, 24-часовых гонках в Монлери и попытках установления рекордов выносливости. Частные гонщики Себастьян Нахтманн и Курт Твесманн неоднократно выигрывали чемпионат Германии по внедорожным соревнованиям на специально подготовленной версии.
В конце десятилетия перемены обозначились в передней подвеске. С 1967 года BMW предлагала для Северной Америки оппозитные модели с телескопической вилкой, в том числе R 69 US. Они заполнили паузу до нового поколения /5, появившегося в 1969 году. Так R 69 S оказался на стыке двух этапов развития BMW.